โครงการประปาชนบท (Portable Water Project) ได้เริ่มขึ้นในปี พ.ศ.2508 สังกัดกองช่างสุขาภิบาล กรมอนามัย และในปี พ.ศ.2515 ได้ยกฐานะเป็นฝ่ายประปาชนบท กองอนามัยสิ่งแวดล้อม กรมส่งเสริมสาธารณสุข ซึ่งต่อมาในปี พ.ศ.2517 ได้ยกฐานะเป็นกองประปาชนบท กรมอนามัย งานที่รับผิดชอบในขณะนั้นคือ งานออกแบบก่อสร้างระบบประปาชนบทให้แก่ชุมชนที่มีประชาชนประมาณ 5,000 คน ซึ่งเป็นรูปแบบของประปาขนาดใหญ่ มีทั้งระบบกรองช้าและระบบกรองเร็ว นอกจากนี้ยังมีโครงการเจาะบ่อน้ำชนบท ซึ่งมีศูนย์ฯ ปฏิบัติงานที่จังหวัดขอนแก่น

ในปี พ.ศ.2522 มีพระราชบัญญัติการประปาส่วนภูมิภาค เมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม 2522 ให้โอนงานประปาชนบท ของกองประปาชนบท กรมอนามัย และงานก่อสร้างประปาหมู่บ้าน กองประปาภูมิภาค กรมโยธาธิการ ไปเป็นหน่วยงานรัฐวิสาหกิจ คือ การประปาส่วนภูมิภาค (กปภ.) โดยเจ้าหน้าที่กองประปาชนบทเกือบทั้งหมดโอนไปเป็นเจ้าพนักงานรัฐวิสาหกิจ เหลือเพียงโครงการงานเจาะบ่อน้ำชนบท ดังนั้น ตั้งแต่กลางปี พ.ศ.2522 เป็นต้นมา ภารกิจหลักที่กองประปาชนบทดำเนินการ คือ การเจาะบ่อบาดาลติดสูบมือโยก ซึ่งรูปแบบเครื่องสูบน้ำมือโยกรุ่นแรก ๆ ที่ใช้ คือ แบบ อนามัย 608 (KORAT 608) เพราะออกแบบ/สร้างที่จังหวัดนครราชสีมา โดยวิศวกรไทย นายช่างมานพ สุภาพันธ์ รูปแบบเครื่องสูบน้ำมือโยกแบบนี้ ได้เป็นต้นแบบและมีการพัฒนามาเป็น 608A, 608C, 608CT และ TP609 ในปี พ.ศ.2525 เนื่องจากมีระบบประปาที่ก่อสร้างโดยกรมอนามัยบางแห่งไม่ได้ถูกโอนไปสังกัด กปภ. กรมอนามัยจึงมีโครงการปรับปรุงระบบประปาหมู่บ้านเหล่านั้นให้ใช้งานได้ดีเหมือนเดิม นอกจากนี้หมู่บ้านใดที่มีแหล่งน้ำบาดาล และมีสภาพสังคมเศรษฐกิจดี ก็จะมีการยกระดับโดยการก่อสร้างระบบประปาหมู่บ้านขึ้นมา ปัจจุบันกองประปาชนบทมีรูปแบบการก่อสร้างระบบประปาโดยใช้แหล่งน้ำจากบาดาลหรือน้ำผิวดิน โดยมีรูปแบบดังนี้

รูปแบบการจัดหาน้ำสะอาดในชนบทอีกรูปแบบคือ การจัดสร้างบ่อน้ำตื้นติดสูบมือโยก ซึ่งปัจจุบันกองประปาชนบทได้เลิกทำไปแล้วตั้งแต่ปี พ.ศ.2539 กรมอนามัยได้ดำเนินการในเรื่องการจัดหาน้ำสะอาดในชนบท มาเป็นระยะเวลานาน รูปแบบและแนวทางการบริหารจัดการจะเน้นที่การให้หน่วยงานของกระทรวงสาธารณสุขเข้ามาเกี่ยวข้อง ซึ่งนอกจากกรมอนามัยเองแล้ว ก็มีทั้งสำนักงานสาธารณสุขจังหวัด, สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ, สถานีอนามัย ตลอดจนอาสาสมัครสาธารณสุข และประชาชนในหมู่บ้าน จะต้องมีส่วนร่วมในการดูแลรักษาระบบ โดยกรมอนามัยจะให้ความรู้และสนับสนุนทางด้านวิชาการ ปัจจุบันกิจกรรมต่าง ๆ ที่กรมอนามัยดำเนินการมาแล้ว จนถึงปี 2541 มีดังนี้คือ

1. การจัดหาแหล่งน้ำให้แก่ประชาชนในชนบท โดยการเจาะบ่อน้ำบาดาลติดตั้งเครื่องสูบน้ำ มือโยก การเน้นหนักให้ประชาชนมีความรู้สึกเป็นเจ้าของและดูแลรักษาเครื่องสูบน้ำมือโยก ด้วยตนเอง ซึ่งมีการอบรมผู้ดูแลบ่อน้ำบาดาล
2. การออกแบบปรับปรุง เครื่องสูบน้ำมือโยกแบบ อนามัย 608 ให้มีความแข็งแรง ทนทาน ต่อการใช้งาน ง่ายต่อการบำรุงรักษา และเป็นต้นแบบในการพัฒนาเครื่องสูบน้ำมือโยกแบบมาตรฐานของประเทศไทย
3. การก่อสร้างระบบประปาหมู่บ้านขนาดใหญ่, กลางและเล็ก โดยมอบให้ประชาชนผู้ใช้น้ำ (กลุ่มผู้ใช้น้ำ) จัดตั้งคณะกรรมการประปาหมู่บ้าน/ผู้ดูแลประปาหมู่บ้าน คณะกรรมการบริหารกิจการประปาหมู่บ้าน โดยประชาชนในหมู่บ้าน ในรูปแบบ "กองทุนประปา หมู่บ้าน" เป็นการลดภาระของทางราชการในการบำรุงรักษาระบบประปาหมู่บ้าน
4. การออกแบบระบบประปาให้แก่สถานบริการสาธารณสุข ได้แก่
   1. โรงพยาบาลศูนย์/โรงพยาบาลทั่วไป
   2. โรงพยาบาลชุมชน ขนาด 10 เตียง, 30 เตียง, 60 เตียง, 90 เตียง และ 120 เตียง
   3. สถานีอนามัยขนาดใหญ่
   4. สถานบริการสาธารณสุขอี่น ๆ ทีก่อสร้างขึ้นใหม่ และขอความช่วยเหลือมา

โดยมีผลการดำเนินงานจัดหาน้ำสะอาดของกรมอนามัยในปี 2541 ดังนี้